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Coronavirus, in Trentino parte il sequenziamento del genoma per ricostruire la rete dei contagi: “Sarà possibile identificare i comportamenti a rischio”

Fondazione Edmund Mach e Apss hanno ottenuto il finanziamento per avviare il sequenziamento del genoma completo di SARS-CoV-2, indispensabile per ricostruire la rete dei contagi a livello provinciale: “I dati raccolti saranno utilissimi per la gestione della seconda fase dell’epidemia”

Di Tiziano Grottolo - 17 aprile 2020 - 10:44

TRENTO. Un ulteriore passo in avanti nella gestione dell’epidemia di coronavirus che ha colpito l’Italia, si potrebbe sintetizzare così la notizia arrivata dalla Fondazione Edmund Mach e dall’Apss che hanno recentemente ricevuto il via libera per sequenziare il genoma del virus SARS-CoV-2. Fem e Apss sono state finanziate con 62mila euro dalla Fondazione per la Valorizzazione della Ricerca Trentina, per avviare il progetto di ricerca che sfrutta il sequenziamento del genoma completo di SARS-CoV-2, indispensabile per ricostruire la rete dei contagi a livello provinciale, potenziando ulteriormente le strategie di mitigazione e controllo dei focolai epidemici.

 

Come ben sappiamo i due enti stanno collaborando per permettere un aumento significativo delle analisi sui tamponi effettuati sulla popolazione, ed è proprio partendo da questa attività di supporto che i ricercatori del Centro Ricerca e Innovazione puntano ora anche a identificare le varianti genetiche del virus presente in provincia. L’obiettivo è quello di sfruttare la variabilità genetica del virus per mappare le reti dei contagi tra pazienti e visualizzare la diffusione del patogeno tra aree geografiche mediante una piattaforma web di analisi e gestione dei dati creata all’interno del progetto. Le sequenze genetiche e il sistema di gestione dei dati prodotti saranno resi disponibili per il loro utilizzo alla Task Force provinciale nonché alla comunità scientifica internazionale.

 

Un secondo passo potrebbe essere quello di sviluppare una piattaforma di analisi e gestione dei dati genomici di hCoV-19 che possa costituire la base per lo sviluppo di un’attività di sorveglianza epidemiologica molecolare. Le sequenze genomiche dei nuovi campioni potranno essere confrontate con le sequenze già osservate, identificando e visualizzando su mappa i nuovi focolai di infezione e le loro linee di diffusione. “Ricostruendo su base molecolare le reti di infezione – spiegano i ricercatori – sarà possibile identificare tempestivamente i comportamenti a rischio oppure eventuali falle nelle strategie di contenimento”. La base dati prodotta potrà poi essere incrociata con dati di mobilità personale, ad esempio mediante il tracciamento dei telefoni cellulari, per identificare e circoscrivere le aree di contagio.

 

Grazie al progetto inoltre, si potrà riuscire a descrivere la diffusione del  virus e fornire una base dati per la gestione della seconda fase dell’epidemia, quando andranno identificate azioni di contenimento adeguate, monitorare l’evoluzione e le progressive mutazioni del virus che potenzialmente possano avere effetto anche sulla contagiosità, ottenere maggiori  informazioni che possono essere utilizzate per sviluppare vaccini  o strategie di gestione dell’infezione specifiche, infine, fornire dati per capire come il potere patogeno del virus possa essere cambiato in seguito alle mutazioni acquisite.

 

Il team che svolgerà le ricerche comprende esperti con una vasta esperienza nel campo della genomica, dell’epidemiologia molecolare, dell’analisi bioinformatica delle sequenze e nell’analisi statistica di dati complessi. La squadra sarà coordinata da Annapaola Rizzoli e Claudio Donati è composta da Luca Bianco, Mirko Moser, Paolo Fontana, Diego Micheletti, Pietro Franceschi e Massimo Pindo del Centro Ricerca e Innovazione della Fondazione Edmund Mach. L’attività di ricerca sarà svolta in stretto coordinamento con Paolo Lanzafame, Lucia Collini, Giovanni Lorenzin del Laboratorio di microbiologia e virologia dell’Azienda provinciale per i servizi sanitari di Trento.

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