"Aiuta a interpretare i risultati della analisi" ecco Cell Maker Accordion, nuovo software firmato Unitn: "Rivela la presenza di cellule legate a leucemie o tumori"

TRENTO. Un team internazionale coordinato dall’Università di Trento ha messo a punto uno strumento bioinformatico per chi lavora con i dati più avanzati della biologia molecolare: si chiama "Cell Marker Accordion" e aiuta a interpretare i risultati di analisi su singole cellule, rivelando anche la presenza di cellule alterate legate a patologie come leucemie, mielodisplasie o tumori solidi.

Negli ultimi anni, spiega l'Università, le analisi dei dati a singola cellula e a risoluzione spaziale hanno rivoluzionato la ricerca biomedica, permettendo di osservare cosa succede in un campione biologico con dettagli mai visti prima. Tuttavia, interpretare questi dati non è semplice perché i diversi software restituiscono risultati spesso molto diversi e difficili da confrontare.

E proprio a partire da questa criticità, un gruppo di ricerca dell’Università di Trento ha elaborato “Cell Marker Accordion”, strumento che rende più chiara e robusta l’identificazione dei tipi cellulari nei dati di nuova generazione: i risultati della ricerca, sviluppata al Cibio e condotta con la collaborazione dell’Università di Yale (Stati Uniti), dell’Università di Trondheim (Norvegia), del Policlinico di Milano e dell’Istituto di Biofisica del Cnr, che sono stati pubblicati sulla rivista Nature Communications.

"Con Cell Marker Accordion abbiamo voluto costruire uno strumento che aiuti chi fa ricerca non solo a classificare le cellule, ma anche a capire perché sono state classificate in un certo modo", spiega Emma Busarello, dottoranda in Scienze biomolecolari all’Università di Trento e prima autrice del lavoro: "Spesso i software danno un risultato, ma non dicono come ci sono arrivati. Noi volevamo fare qualcosa di più trasparente e utile anche per chi lavora in contesti clinici. Il nome dello strumento, Accordion (fisarmonica, ndr), richiama proprio l’idea di armonizzare previsioni diverse per arrivare a un risultato più robusto".

Il software è stato pensato per aiutare a identificare i tipi cellulari in campioni biologici, sia in condizioni normali, sia in presenza di malattie: può, ad esempio, segnalare la presenza di cellule staminali leucemiche o plasmacellule tumorali, suggerendo anche quali geni potrebbero essere coinvolti nelle alterazioni.

"Il nostro strumento non si limita a dire che tipo di cellula è presente, ma aiuta anche a scoprire quali geni la rendono unica e diversa dalle altre" aggiunge Toma Tebaldi, docente del Cibio e corresponding author della ricerca: "Questo può aiutare a individuare nuovi biomarcatori o bersagli terapeutici".

Un punto di forza dello strumento è l’accessibilità: oltre al pacchetto software per chi ha competenze bioinformatiche, è disponibile infatti una versione web che può essere usata facilmente anche da chi non programma, grazie a un’interfaccia intuitiva.

Tra gli obiettivi futuri c’è poi quello di adattare lo strumento a nuovi tipi di dati e mantenerlo aggiornato nel tempo, così da garantire alla comunità scientifica uno strumento sempre affidabile.

"Un software scientifico non si esaurisce con una pubblicazione - conclude Tebaldi - e, al contrario, deve essere mantenuto, continuamente migliorato e reso progressivamente più utile alle nuove scoperte. Anche questo è un servizio fondamentale alla ricerca".